Fructele ienuparului sunt folosite in medicina. Ele contin un ulei volatil (care le da un miros placut de rasina), zaharuri, acizi organici (fumaric, acetic, oxalic), saruri de potasiu si calciu, precum si un principiu amar (iuniperina). Din fructele de ienupar se prepara un ceai care are actiune diuretica si antiseptica, dand bune rezultate in bolile de rinichi.
Prin diureza si diaforeza pe care o produce, acest ceai aduce ameliorare in reumatism, guta, hidropizie (apa in tesuturi).
Ienuparul mai este recomandat in bronsitele acute si cronice, usureaza tusea, mareste pofta de mancare, restabileste activitatea digestiva, inlatura dispepsiile de fermentatie, micsoreaza balonarile stomacului, mareste puterea de transpiratie, eliminand astfel toxinele din corp.
Frictiunile cu ulei de ienupar in amestec cu alcool medicinal vor calma durerile provocate de reumatism, lumbago si diferite stari nevralgice.